Genetic diversity and antifungal susceptibility profile of ten clinical isolates of Candida spp

Abstract

Candida species are the most common agents of fungal infection, being responsible for both superficial and systemic infections. In recent years, there has been an increase in antifungal-resistant Candida strains, which complicates the treatment of these infections. In order to characterize 10 clinical isolates of Candida, based on their sequence-type, single nucleotide polymorphisms, and antifungal resistance, the genome sequence of the isolates was obtained with MinION (Oxford Nanopore Technologies, UK), and the antifungal susceptibility profile was obtained through broth microdilution techniques and Etest (bioMérieux, France). The analysis of the genome of the isolates showed that one of the isolates did not correspond to C. albicans, being C. glabrata. SNPs were identified in genes that were exclusive for vaginal exudate samples, as well for samples originated from the oral cavity. The frequency of genes with missense SNPs involved in molecular processes and biological functions was significantly enriched to the background frequency in those gene ontology sets. All isolates were susceptible to all antifungals tested, and had none of the resistance-associated polymorphisms found in literature, so there was an agreement between genotype and phenotype.

Os organismos do género Candida são os agentes de infeção fúngica mais comuns, sendo responsáveis por infeções superficiais e sistémicas. Nos últimos anos, verificou-se um aumento de estirpes de Candida resistentes a antifúngicos, o que complica o tratamento destas infeções. Com o objetivo de caracterizar 10 isolados clínicos de Candida, com base na sua sequência-tipo, polimorfismos de nucleotídeo único, e resistência a antifúngicos, obteve-se a sequência do genoma dos isolados com o MinION (Oxford Nanopore Technologies, UK), e o perfil de suscetibilidade a antifúngicos através de técnicas de microdiluição em caldo e Etest (bioMérieux, França). A análise do genoma dos isolados permitiu perceber que um dos isolados não correspondia a C. albicans, sendo C. glabrata. Foram identificados SNPs em genes que eram exclusivos para amostras provenientes de exsudatos vaginais, bem como para amostras com origem na cavidade oral. A frequência de genes com SNPs nãosinónimos (missense) envolvidos em processos moleculares e funções biológicas era significativamente superior à frequência base para os mesmos conjuntos de ontologia genética. Todos os isolados eram suscetíveis a todos os antifúngicos testados, e não possuíam nenhum dos polimorfismos associados a resistência descritos na literatura, havendo assim concordância entre o genótipo e o fenótipo.