Developmente of a CNVs detection method through qPCR

Abstract

Os copy number variations (CNVs) consistem em segmentos de DNA de uma kilobase ou mais, que se encontram num número variável de cópias, em comparação com um genoma de referência. A deteção de CNVs é convencionalmente realizada através de técnicas de citogenética, como fluorescence in situ hybridization e array comparative genomic hybridization, ou com base em PCR, como multiplex ligation-dependent probe amplification, SNP arrays ou deep sequencing. Porém, a evolução da técnica de PCR quantitativo em tempo real (qPCR) permitiu que fosse, actualmente, considerada o método gold standard para a detecção de CNVs devido, sobretudo, ao elevado rendimento, sensibilidade, precisão e versatilidade. O presente trabalho descreve o desenvolvimento e validação de um método de deteção de CNVs através da técnica de qPCR. A metodologia adotada provou ser um método preciso e sensível para a detecção de CNVs em regiões específicas.

Copy number variations (CNVs) consist in DNA segments of one kilobase or larger, that are present in variable copy number, in comparison to a reference genome. CNVs detection is conventionally performed through cytogenetic, such as fluorescence in situ hybridization and array comparative genomic hybridization, or PCR-based techniques, like multiplex ligation-dependent probe amplification, SNP arrays or deep sequencing. However, the evolution of quantitative PCR (qPCR) allows it to be considered the gold standard for CNVs detection, mainly due to its high throughput, precision and versatility. The present work describes the development and validation of a qPCR method for CNVs detection. This method proved to be an accurate and sensitive method for CNVs detection in targeted regions.