Biomarkers in Canis lupus familiaris

Abstract

Introdução- Os animais de companhia como o cão desempenham hoje um papel a nível familiar e social importante podendo atuar como agentes em programas terapêuticos e de socorrismo. A qualidade de vida dos animais de companhia e o correspondente impacto na saúde pública pode beneficiar com o diagnóstico precoce e a intervenção terapêutica adequada. Com a evolução das abordagens Ómicas, nomeadamente dos estudos de proteómica foi gerado um grande volume de dados que retratam o perfil de proteínas característico de diversas situações patológicas. No entanto a informação gerada encontra-se dispersa por inúmeros artigos científicos e também por bases de dados diversas. A reunião de toda a informação molecular disponível numa única base de dados permitirá a integração da informação existente, facilitando estudos que visem encontrar os mecanismos moleculares subjacentes a patologias bem como encontrar biomarcadores que permitam o diagnóstico precoce de patologias. Objetivo- Este trabalho tem como objetivo criar uma base de dados que reúna toda a informação existente sobre os proteomas parciais de Canis lupus familiaris, o CanisTecOme. Com a construção da estrutura da base de dados CanisTecOme é demonstrada através de análises diversas in silico, a metodologia a seguir para extrair informação diversa sobre as proteínas implicadas em patologias de cão. Estando interessados em estabelecer a saliva como fluido de diagnóstico não invasivo, foi também objetivo desta tese o estabelecimento da metodologia para a recolha, armazenamento e caracterização de amostras de saliva de cão. Materiais e métodos- A base de dados CanisTecOme foi construída por recurso a revisão e anotação manual sobre a informação relativa à caracterização do individuo dador, tipo de amostra biológica, técnicas utilizadas para a identificação da proteína, e toda a informação conhecida sobre cada uma das proteínas catalogada na base de dados. O CanisTecOme tem também anotado as proteínas que já foram propostas como biomarcadores para patologias diversas. A metodologia para o estabelecimento da recolha, armazenamento e caracterização das amostras de saliva de cão foi baseada na já estabelecida para a saliva humana. Conclusão- A estrutura proposta para a base de dados CanisTecOme permite responder a questões como identificar: - As patologias em cão para as quais existe informação sobre as proteínas implicadas; - Os mecanismos moleculares comprometidos em patologias; - A saliva contém proteínas que permitam identificar patologias sistémicas? No que diz respeito à metodologia estabelecida para a recolha, armazenamento e caracterização de amostras de saliva esta mostrou-se com a qualidade adequada para o estabelecimento de um futuro biobanco de saliva animal.

Introduction – Pets such as the dog are important for families and for society in general acting as therapeutic agents and rescue aids. Pets quality of life and the correspondent effect on public health may benefit from early diagnostics and targeted therapeutic actions. The evolution of the Omics sciences, including proteomics resulted in the accumulation of a large volume of data reflecting the protein profile of different pathological situations. However, the information generated is dispersed throughout several scientific articles and data bases. Collecting all information in a single database allows data integration and management used in studies to find molecular biomarkers for early diagnosis. Goal - To create a database with all information on the partial proteomes of Canis lupus familiaris, the CanisTecOme. The methodology to be used in for data management and information gathering using the CanisTecOme database is demonstrated through different in silico analysis. A second objective of this work was the outlining of the basic methodology for dog saliva collection, storage and characterization. This allows the use of saliva as a minimally invasive diagnostic fluid. Materials and methods – Manual curation and annotation of all the information related to the saliva donor, biological sample, techniques used for protein identification and all the information related to the protein identifies was performed. The CanisTecOme has also indicated whether a protein has already been proposed as a biomarker. The methodology for the establishment of the sampling, storage and sample characterization of dogs saliva was based on what is already established for human saliva. Conclusion – The structure proposed for the database enables the answer to the following questions: -Which proteins have been identified in the dog as being present in a pathology? - Which molecular mechanisms are compromised in a pathological situation? - Are there protein in saliva which allow the identification of systemic pathologies in the dog? Furthermore, the methods used for sampling, transport and storage of saliva were adequate for the establishment of a saliva biobank for animal saliva.