Analysis of the mutational spectrum of the F7 gene and phenotypic implications

Abstract

Congenital factor VII deficiency (FVIID) is the most frequent of the rare autosomal recessive bleeding disorders, comprising a wide molecular spectrum that correlates with plasma FVII levels and sometimes a bleeding phenotype. Establishing clinical significance for a variant is essential for an efficient diagnosis resulting in better patient care. For this, the variants must be submitted to the same methodological analysis of variant classification according to the ACMG recommendations. In a cohort of 550 patients from central Portugal, diagnosed with FVII deficiency over a period of 20 years, between February 2001 and June 2021, at the Laboratory of Molecular Hematology - SHC/CHUC, data of the functional and molecular studies were analyzed. After evaluating the genotype-phenotype of the variants identified in the F7 gene, these were then reclassified according to the international guidelines of the ACMG. For some cases it was necessary to perform molecular analyzes using PCR, MLPA, and direct Sanger sequencing. 404 unrelated patients (probands) had FVII levels<60% when compared with healthy individuals. Individuals with FVII levels<1% showed variants in homozygosity and lethal cases have been described. We found some unusual cases such as a double heterozygous patient for partial deletion of F7 and F10. A total of 32 rare F7 variants were found in a group of 185 individuals with polymorphisms and pathogenic variants, the majority being missense. Of these 32 variants, eleven were considered new, i.e., not previously described. This study allowed prenatal diagnosis to be available when requested. All variants were reclassified according to the ACMG international guideline, where most are deemed pathogenic or likely pathogenic. It was concluded that all the information found in this study is of relevant importance to understand the genotype/phenotype factors that contribute to the development of the knowledge of FVII deficiency in the Portuguese population. This combination of procedures ensured a more efficient diagnosis: analyzing the severity of FVII deficiency with greater precision for a more effective therapeutic approach.

A deficiência congénita de fator VII (FVIID) é o mais frequente dos distúrbios hemorrágicos autossómicos recessivos, compreendendo um amplo espectro molecular que se correlaciona com os níveis plasmáticos de FVII e, por vezes, um fenótipo de hemorragia. Estabelecer o significado clínico para uma variante é essencial para um diagnóstico eficiente resultando num melhor atendimento ao doente. Para isso, as variantes devem ser submetidas à mesma análise metodológica de classificação de variantes conforme as recomendações da American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG). Num grupo de 550 pacientes do centro de Portugal, diagnosticados com a deficiência de FVII ao longo de um período de 20 anos, entre fevereiro de 2001 e junho de 2021, no Laboratório de Hematologia Molecular - SHC / CHUC, foram analisados dados dos estudos funcionais e moleculares. Após avaliado o genótipo fenótipo das variantes identificadas no gene F7, em seguida as mesmas foram reclassificadas de acordo com as guidelines internacionais ACMG. Para alguns casos em que se verificou ser necessário, as análises moleculares foram efetuadas por meio de PCR, MLPA e sequenciação direta de Sanger. Nesta grupo, 404 doentes não relacionados (propósitos) tiveram níveis de FVII<60% quando comparado com os indivíduos saudáveis. Os indivíduos com níveis FVII:c<1% apresentaram variantes em homozigotia e foram descritos alguns casos letais. Foram também encontrados alguns casos raros como o de um doente duplo heterozigótico para deleção parcial do F7 e F10. Um total de 32 variantes raras no F7 foram encontradas num grupo de 185 indivíduos com polimorfismos e variantes patogénicas, sendo a maioria missense. Destas 32 variantes, onze foram consideradas novas, i.e., não descritas previamente. Este estudo permitiu disponibilizar o diagnóstico pré-natal quando solicitado. Todas as variantes foram reclassificadas de acordo com as guidelines internacionais ACMG, onde a maioria foi considerada patogénica ou provável patogénica. Concluímos que todas as informações encontradas nesse estudo foram de importância relevante para compreender o genótipo/fenótipo destes doentes e, assim, elucidar e desenvolver o conhecimento sobre a deficiência do FVII da população em Portugal. Este conjunto de procedimentos possibilitou um diagnóstico mais eficiente: analisar a gravidade da deficiência do FVII com maior precisão para uma abordagem terapêutica mais eficaz.