Biomarkers in Ovis aries

Abstract

Ferramentas que armazenem e procedam à catalogação das proteínas identificadas em proteomas resultantes de amostras de tecidos diversos recolhidos a partir de indivíduos representativos de situações fisiológicas e patológicas, constituem instrumentos poderosos para a integração da informação já publicada. Muita informação sobre os mecanismos moleculares subjacentes a patologias pode hoje ser gerada a partir de estratégias bioinformáticas. No âmbito de projetos anteriormente desenvolvidos foi construída uma base de dados, o OralOme. O presente trabalho tem como objetivo a criação de uma base de dados, o OvinOme, aplicando a mesma metodologia desenvolvida para saúde humana, agora para o armazenamento e catalogação de proteínas identificadas a partir dos proteomas parciais de Ovis aries. A criação desta ferramenta bioinformática contribuirá para o desenvolvimento de métodos de diagnóstico em vida, capazes de detetar as principais patologias que grassam nos rebanhos de ovelhas Serra da Estrela. O desenvolvimento da base de dados passa pelo compilar manual das proteínas identificadas pelos vários estudos publicados relativamente a Ovis aries, anotando toda a informação relativa à caracterização do individuo dador da amostra, tipo de amostra biológica, técnicas utilizadas para a identificação das proteínas e toda a informação conhecida relativa a cada proteína catalogada. O desenvolvimento de um método de diagnóstico em vida passa pela concepção de protocolos de colheita, armazenamento e caracterização da qualidade da amostra. Assim no âmbito de presente trabalho foi também objectivo o desenvolvimento de toda a estratégia para recolha de amostras de saliva em ovinos, transporte, armazenamento e avaliação da qualidade da amostra. A criação de um banco de saliva de rebanhos de ovelhas Serra da Estrela será um objectivo a cumprir em termos de futuro, visando o estabelecimento do diagnóstico precoce utilizando a saliva como fluído para avaliação de proteínas que identifiquem cada patologia, determinadas por análise in silico recorrendo á ferramenta bioinformática OvinOme desenvolvida no âmbito do presente trabalho.

Tools that store and proceed to the cataloging of proteins identified in proteomes derived from samples of various tissues collected from individuals representative of physiological and pathological situations, are powerful tools for the integration of information already published. Much information about the molecular mechanisms underlying pathologies can now be generated from bioinformatic strategies. Under previously developed design was built a database, the OralOme. This work aims to create a database, the OvisOme, applying the same methodology developed for human health now for storage and cataloging of proteins identified from the partial proteomes of Ovis aries. The creation of this bioinformatics tool will contribute to the development of diagnostic methods in life, able to detect major diseases that are rife in flocks of sheep Serra da Estrela. The development database is compiled by the proteins identified by several studies published for manual Ovis aries, noting all the information on the individual characteristics of the donor of the sample, type of biological sample, techniques for identifying proteins and whole known information cataloged for each protein. The development of a method of diagnosis in living passes through the design of the harvesting, storage and characterization of the quality of the sample protocols. So within this study was also aimed at developing the whole strategy for collecting samples of saliva in sheep, transport, storage and evaluation of sample quality. The creation of a database of flocks of sheep saliva Serra da Estrela is a key objective for the future, for the establishment of early diagnosis using saliva as a fluid for evaluation of proteins that identify each pathology, determined by in silico analysis using OvisOme bioinformatics tool developed under this work.