Please use this identifier to cite or link to this item: http://hdl.handle.net/10773/10876
Title: O microbioma do solo: influência do estado fitossanitário do sobreiro
Author: Pinho, Diogo Figueiredo
Advisor: Egas, Conceição
Henriques, Isabel
Keywords: Biotecnologia
Sobreiros
Doenças das plantas
Microorganismos patogénicos: Solos
Defense Date: 2012
Publisher: Universidade de Aveiro
Abstract: Nas últimas décadas tem ocorrido um declínio extensivo das espécies de Quercus sp. ao longo da Europa Central e Bacia do Mediterrâneo, induzida por uma série de fatores bióticos e abióticos. De forma a compreender qual o impacto do estado fitossanitário da espécie Quercus suber na população dos microrganismos do solo, foi efetuada a caraterização e comparação do microbioma do solo de sobreiros saudáveis e doentes. Para isso, o DNA total da comunidade microbiana de dezasseis amostras de solo, provenientes de sobreiros saudáveis e sobreiros decrépitos, foi extraído e as sequências dos genes do rRNA 16S (bactérias) e do “Internal Transcribed Spacer II” (fungos) foram amplificadas por PCR. Inicialmente foi utilizada a DGGE como abordagem preliminar para comparação e agrupamento das amostras. De seguida, as amostras selecionadas foram sequenciadas na plataforma 454 da Life Sciences (Roche) de forma a detalhar a estrutura e composição do microbioma associado a cada estádio de saúde do sobreiro, assim como comparar as populações de microrganismos presentes nestas duas condições. Os resultados revelaram que ambas as comunidades microbianas apresentavam uma elevada diversidade de espécies, verificando-se nas comunidades bacterianas e fúngicas uma predominância dos filos Proteobacteria e Basidiomycota, respetivamente. Na análise funcional do grupo dos fungos foram detetadas várias espécies de cogumelos, ectomicorrizas, fungos saprófitas e produtores de antibióticos, e nas bactérias verificou-se a presença de microrganismos que participam no ciclo do azoto, produtoras de antibióticos, produtoras de ácido láctico e promotoras do crescimento das plantas. Na comparação do microbioma do solo de árvores saudáveis e decrépitas não foram observadas diferenças significativas para os dois grupos de microrganismos. Desta forma foi demonstrado que os exsudatos libertados pelas raízes não alteram significativamente a composição das comunidades microbianas presentes no solo livre de raízes. No entanto, este trabalho possibilitou um avanço na compreensão da estrutura e composição das comunidades microbianas do solo de sobreiros, permitindo desta forma a caraterização global dos microrganismos presentes no solo do montado.
In recent decades there has been an extensive decay of Quercus sp. in Central Europe and the Mediterranean Basin induced by a complex series of biotic and abiotic factors. In order to understand the impact of Quercus suber health state in soil microbiome, a characterization and comparison of soil from healthy and diseased cork oak trees was performed. For this, total DNA of the microbial community of sixteen soil samples from healthy and decrepit cork oaks was extracted and the 16S rRNA genes (bacteria) and "Internal Transcribed Spacer II" (fungi) were amplified by PCR. Initially DGGE was used as a preliminary approach for comparing and clustering samples. The selected samples were sequenced on the 454 platform of the Life Sciences (Roche) to detail the structure and composition of the microbiome associated with each health stage of the cork oak, so as to compare the populations of microorganisms present in these two conditions. The results demonstrated a high diversity of species for both microbial communities, revealing a predominance of the Proteobacteria and Basidiomycota phyla for bacterial and fungal communities, respectively. After functional analysis, in the fungi group, species of mushrooms, ectomycorrhizae, saprophytic and antibiotic-producing fungi were detected and in the bacteria group, microorganisms that participate in the nitrogen cycle, antibiotic producing, lactic acid producing and plant-growth promoting bacteria were found. There were no significant differences between soil microbiome of healthy and diseased trees in the two microorganism groups. It was thus demonstrated that exudates released by the roots do not modify significantly the microbial composition present in the bulk soil. However this work has enabled a breakthrough in understanding the structure and composition of microbial communities in cork oaks soil, allowing a comprehensive characterization of soil microorganisms in the “montados”.
Description: Mestrado em Biotecnologia
URI: http://hdl.handle.net/10773/10876
Appears in Collections:DQ - Dissertações de mestrado
UA - Dissertações de mestrado

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
Dissertação.pdf4.08 MBAdobe PDFView/Open


FacebookTwitterLinkedIn
Formato BibTex MendeleyEndnote Degois 

Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.