Diversidade de fungos isolados de solos agrícolas contaminados

Abstract

A poluição do solo é uma questão complexa que não é discernível pela observação visual e normalmente não pode ser medida diretamente tornando-a um perigo oculto que é desconsiderado tanto na investigação quanto nas deliberações políticas. A falta de dados sobre monitorização do risco ou da contaminação de solos em Portugal é preocupante, o que torna o estado dos solos nacionais desconhecido. Este estudo teve por objetivo avaliar a diversidade fúngica encontrada em solos agrícolas contaminados. Para tal, 94 isolados foram obtidos de três amostras de solos. Para examinar a sua diversidade genética, todos os 94 isolados foram submetidos a tipagem por Microsatellite-primed polymerase chain reaction (MSP-PCR). Com base na análise do dendrograma obtido a partir da análise dos perfis MSP-PCR, foram escolhidos 64 isolados representativos para amplificação e sequenciação da região ITS (Espaçador Transcrito Interno) do cluster que codifica para o ácido ribonucleico ribossómico (rRNA). Inicialmente foi realizada uma identificação com as sequências da região ITS, o que permitiu a identificação de 11 géneros de fungos. Neste estudo, os géneros mais abundantes foram os géneros Fusarium e Neocosmospora. De seguida, efetuou-se uma análise complementar com amplificação e posterior sequenciação de outros genes, tais como, o fator de alongamento da translação 1-α (tef), β-tubulina (tub) e actina (act). Os isolados identificados foram submetidos a uma análise filogenética multi-locus para identificá-los com precisão ao nível de espécie. A análise filogenética combinada de ITS e os outros genes permitiu identificar 17 espécies, nomeadamente duas espécies possivelmente novas e 11 espécies patogénicas para plantas, insetos e também seres humanos. A diversidade de fungos nos solos agrícolas contaminados e o seu potencial patogénico para os seres humanos merecem uma investigação mais aprofundada.

Soil pollution is a complex matter that is not perceivable by visual observation and cannot be directly measured, making it a hidden danger that is disregarded by scientific and political considerations. The lack of data regarding soil contamination and risk monitoring is concerning, which makes the state of the national soils unknown. The aim of this study is to assess the fungal diversity found in contaminated agricultural soils. To do so, 94 fungi were isolated from three soil samples. In order to examine their genetic diversity, all 94 isolates were advanced for Microsatellite-primed polymerase chain reaction (MSP-PCR). Based on the analysis of the dendrogram with the fingerprints obtained by MSP-PCR, 64 isolates were chosen as representatives for Internal Transcribed Spacer (ITS) amplification and sequencing. An initial identification based on ITS sequences allowed the identification of 11 different genera of fungi. The most abundant genera, in this study, were Fusarium and Neocosmospora. Afterward, a complementary analysis was made by the amplification and sequencing of another gene such as Translational Elongation Factor 1α (tef), β-tubulin (tub), and actin (act). The identified isolates were submitted to multi-locus phylogenetic analysis to identify them at the species level. The phylogenetic analysis of ITS combined with the other gene markers allowed the identification of 17 different species, namely two new species and 11 pathogenic species to plants, insects, and even humans. The fungal diversity in contaminated agricultural soils and their pathogenic potential to humans deserve further investigation.