Sistema de informação de armazenamento e procura de proteínas

Abstract

Com a redução dos custos de sequenciação, muitos grupos de investigação têm efetuado sequenciações maciças dos organismos com que trabalham. Estas sequenciações revelam a combinação de nucleótidos (A,C,T,G) que compõe os genomas, desvendando o código para a construção das proteínas, que por sua vez, são usadas nos mais diversos processos como regulação, crescimento, manutenção, entre outros mecanismos. As sequências proteicas poderão ter um elevado potencial biotecnológico. Por exemplo, quando se sequenciam organismos que vivem em ambientes extremos, tais como, com elevadas concentrações de produtos tóxicos, grandes profundidades ou elevados níveis de radiação, as proteínas que os protegem contra esses agentes poderão ser importantes em diversas áreas da biotecnologia. Atualmente existem vários métodos que permitem reconhecer as propriedades específicas de cada proteína, desde a análise da sequência, passando pela análise estrutural ou até mesmo funcional. Ferramentas como o Inter- ProScan permitem conhecer de uma forma rápida e simples as mais valias funcionais de uma sequência e perceber se uma dada proteína pode ter ou não potencial para que seja produzida num ambiente laboratorial. O objetivo deste trabalho é desenvolver um sistema que permita organizar e catalogar todas as proteínas pertencentes a um determinado grupo de investigação sendo capaz de publicar características funcionais sem desvendar as suas sequências genéticas. A publicação e pesquisa destas proteínas será baseada nos seus grupos funcionais, revelados recorrendo à ferramenta InterProScan. Este sistema é constituído por dois componentes, uma aplicação local e um site web, e destina-se a grupos de investigação que pretendam divulgar as proteínas sequenciadas nos seus laboratórios e a entidades que necessitem de proteínas com propriedades específicas.

With the decrese in the cost of genome sequencing, many research groups have made massive sequencing of organisms with which they work. These sequencing reveals the combination of nucleotides (A, C, T, G) that makes up the genome, revealing the code for constructing the proteins which are used in several processes such as regulation of growth, maintenance, and other mechanisms. Proteins may have a high biotechnological potential. For example when sequencing organisms that live in extreme environments such as high concentrations of toxic products, high deep or high levels of radiation, the proteins that protect against these agents may be important in areas of biotechnology. Currently there are several methods for recognizing the specific properties of each protein since the sequence, structural or even functional analysis. Tools, such as InterProScan, allows us to quickly know the protein function and to know if a sequence of a given protein may or may not have the potential to be produced in a laboratory environment for commercial use. The objective of this work was to develop a system that organizes and catalogs all the proteins belonging to a particular research group, and to develop a database and a web site that allows the storage and search of proteins in several areas of interest. The publication and research of these proteins will be based on their functional groups using the InterProScan tool. This system consists in two components, a local application and a web site and was designed for research groups that wish to publish the proteins in their laboratories and to entities that require proteins with specific properties that were sequenced.