Description and characterization of a microsatellite locus in Candida IFF8 gene

Abstract

As leveduras do género Candida constituem um grupo muito diverso de fungos que inclui espécies comensais da microflora humana normal, podendo tornarse patogénicas em determinadas condições de imunodepressão do hospedeiro. Apesar de várias espécies do género Candida estarem associadas a infecções em humanos, o principal agente é C. albicans, responsável por diversas candidíases superficiais das mucosas mas também por infecções sistémicas denominadas candidémias. Uma vez que a patogenicidade e susceptibilidade a antifúngicos varia entre estirpes da mesma espécie, é crucial uma identificação rápida e fiável da estirpe causadora da infecção para que possa ser aplicado o tratamento mais adequado. O principal objectivo do presente trabalho consiste na descrição e caracterização de um novo microssatélite de C. albicans localizado no gene IFF8 e que codifica uma proteína semelhante a Hyr1, um componente da parede celular da forma de hifa de C. albicans. Para tal, utilizaram-se 78 isolados clínicos independentes provenientes de dois produtos biológicos, hemocultura e exsudados vaginais, e oriundos de pacientes internados em diversas instituições hospitalares. Foram identificados 16 alelos, com comprimentos entre 200 e 316 pares de bases, e 27 genótipos, o que resulta num poder de discriminação de cerca de 0.90. Foi ainda possível identificar genótipos específicos de isolados de hemoculturas, assim como de exsudados vaginais. Para determinar a origem da variabilidade alélica deste microssatélite a análise da estrutura dos diferentes alelos foi efectuada por sequenciação revelando a sua estrutura composta. Dada a localização deste microssatélite no gene IFF8 de C. albicans e uma vez que as proteínas GPI podem estar envolvidas na biossíntese e remodelação da parede celular, na adesão às células do hospedeiro e na virulência, a sua variabilidade poderá estar relacionada com o grau de virulência das estirpes em estudo.

ABSTRACT: Yeasts of the genus Candida include a variety of human commensal species that may become pathogenic in immunocompromised hosts. The predominant causal agent of candidiasis is C. albicans, responsible for superficial infections and systemic life threatening conditions. Since pathogenicity and antifungal susceptibility often vary between strains, it is crucial to rapidly and accurately identify the strain causing infection so that tha adequate treatment could be selected. The aim of this work was to characterize a new microsatellite locus located inside IFF8 gene of C. albicans and coding for a GPI anchored protein similar to Hyr1 which is a cell wall component of the C. albicans hypha. Seventy eight independent C. albicans isolates from two biological products, blood cultures and vaginal exudates, and different health institutions were analysed. A total of 16 alleles, with lenghts varying between 200 and 316 bp were found and twenty seven genotypes were identified resulting in a discriminating power of 0.90. It was also possible to identify specific genotypes of blood culture isolates as well as specific of vaginal exudates isolates. Allele length variability was studied by sequence analysis showing that this is a compound microsatellite with a complex internal structure. Given the location of this microsatellite in C. albicans IFF8 gene and since GPI proteins may be involved in cell wall biosynthesis and remodelling, adhesion and virulence, its variability may be related to strain virulence.