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http://hdl.handle.net/10773/30757
Title: | Genetic diversity and antifungal susceptibility profile of ten clinical isolates of Candida spp |
Other Titles: | Diversidade genética e perfil de suscetibilidade a antifúngicos de dez isolados clínicos de Candida spp |
Author: | Silva, Catarina Almeida e |
Advisor: | Santos, Manuel António da Silva Moura, Gabriela Maria Ferreira Ribeiro de |
Keywords: | Candida spp. Whole-genome sequencing Polymorphisms Antifungal susceptibility testing |
Defense Date: | 22-Feb-2021 |
Abstract: | Candida species are the most common agents of fungal infection, being
responsible for both superficial and systemic infections. In recent years, there
has been an increase in antifungal-resistant Candida strains, which
complicates the treatment of these infections. In order to characterize 10
clinical isolates of Candida, based on their sequence-type, single nucleotide
polymorphisms, and antifungal resistance, the genome sequence of the
isolates was obtained with MinION (Oxford Nanopore Technologies, UK), and
the antifungal susceptibility profile was obtained through broth microdilution
techniques and Etest (bioMérieux, France). The analysis of the genome of the
isolates showed that one of the isolates did not correspond to C. albicans,
being C. glabrata. SNPs were identified in genes that were exclusive for vaginal
exudate samples, as well for samples originated from the oral cavity. The
frequency of genes with missense SNPs involved in molecular processes and
biological functions was significantly enriched to the background frequency in
those gene ontology sets. All isolates were susceptible to all antifungals tested,
and had none of the resistance-associated polymorphisms found in literature,
so there was an agreement between genotype and phenotype. Os organismos do género Candida são os agentes de infeção fúngica mais comuns, sendo responsáveis por infeções superficiais e sistémicas. Nos últimos anos, verificou-se um aumento de estirpes de Candida resistentes a antifúngicos, o que complica o tratamento destas infeções. Com o objetivo de caracterizar 10 isolados clínicos de Candida, com base na sua sequência-tipo, polimorfismos de nucleotídeo único, e resistência a antifúngicos, obteve-se a sequência do genoma dos isolados com o MinION (Oxford Nanopore Technologies, UK), e o perfil de suscetibilidade a antifúngicos através de técnicas de microdiluição em caldo e Etest (bioMérieux, França). A análise do genoma dos isolados permitiu perceber que um dos isolados não correspondia a C. albicans, sendo C. glabrata. Foram identificados SNPs em genes que eram exclusivos para amostras provenientes de exsudatos vaginais, bem como para amostras com origem na cavidade oral. A frequência de genes com SNPs nãosinónimos (missense) envolvidos em processos moleculares e funções biológicas era significativamente superior à frequência base para os mesmos conjuntos de ontologia genética. Todos os isolados eram suscetíveis a todos os antifúngicos testados, e não possuíam nenhum dos polimorfismos associados a resistência descritos na literatura, havendo assim concordância entre o genótipo e o fenótipo. |
URI: | http://hdl.handle.net/10773/30757 |
Appears in Collections: | DCM - Dissertações de mestrado UA - Dissertações de mestrado |
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