Please use this identifier to cite or link to this item: http://hdl.handle.net/10773/22510
Title: Development of multiple reaction monitoring assays for bladder cancer diagnosis from urine samples
Other Titles: Desenvolvimento de ensaios "multiple reaction monitoring" para diagnóstico de cancro da bexiga a partir de amostras de urina
Author: Bastos, Paulo André Dias
Advisor: Ferreira, Rita Maria Pinho
Keywords: Bioquímica
Bexiga - Cancro
Marcadores bioquímicos
Espectrometria de massa
Defense Date: 1-Aug-2017
Publisher: Universidade de Aveiro
Abstract: O Carcinoma da Bexiga é uma doença maligna com extremas implicações físicas e psicológicas para os pacientes e de elevadas repercussões socioeconómicas. A falta de procedimentos de diagnóstico precoce não-invasivos tem permitido que a sobrevivência destes pacientes tenha permanecido inalterada nos últimos 30 anos. Desta forma, biomarcadores para diagnóstico não-invasivo são urgentemente necessários, e amostras de urina representam o meio mais promissor para alcançar este fim. Contudo, apesar de várias tentativas, ensaios imunológicos realizados em amostras de urina demonstram fraca performance clínica e analítica. Single/Multiple Reaction Monitoring (SRM/MRM) é uma técnica de espectrometria de massa para quantificação exata e absoluta. SRM/MRM representa a alternativa mais promissora para efeitos de quantificação, sendo altamente reprodutível, sensível e robusta. Desta forma, objetivou-se o desenvolvimento de ensaios por SRM/MRM para quantificação de biomarcadores de cancro da bexiga na urina, combinando múltiplos marcadores num classificador unificador. O ensaio MRM desenvolvido demonstrou em exatidão e especificidade equiparável ou superior aos ensaios imunológicos até á data disponível. Combinando SLIT2, PROF1, SPRC e NMP22 num classificador baseado em 4 marcadores resultou em performance clínica comparável (~70% sensibilidade e ~100% especificidade ou ~80% sensibilidade e ~57% especificidade) quando comparado com os ensaios convencionais. Contudo, a quantificação livre de interferências não pode ser assegurada devido a efeitos da matriz. Um método eficiente e reprodutível para remover substâncias contaminantes presentes na urina sem comprometer a deteção dos marcadores em causa é necessária para atenuar os efeitos de matriz.
Bladder cancer is a malignant disease with extreme physical and psychological implications for the patients together with major economic societal costs. The lack of early non-­‐invasive diagnostic procedures has allowed survival outcomes to remain unaltered for the past 30 years. Accordingly, non-­‐invasive diagnostic biomarkers are urgently needed, and urine samples represent the most promising means for non-­‐invasive bladder cancer diagnosis. However, despite several encouraging claims, available immuno-­‐based molecular assays display poor analytical and clinical performance in urine samples. Single/Multiple Reaction Monitoring (SRM/MRM) is a high-­‐performance mass spectrometry scanning mode for precise targeted quantification. SRM/MRM represents the most promising approach for biomarker quantification purposes, as it is highly reproducible, sensitive and robust. The main aim of this thesis was thus to develop a SRM/MRM-­‐based assay for bladder cancer urinary biomarker quantification, combining multiple markers into a unifying classifier. In addition, two independent chapters have been dedicated to i) the value of urine proteomics for disease diagnostics and to ii) the burden of the disease together with available tools for its diagnosis in the form of a literature meta-­‐analysis and book chapter, respectively. At the individual biomarker level, the MRM assay herein developed for urine profiling provided comparable-­‐to-­‐superior accuracy and specificity as comparedwhen to ELISA assays. The combination of SLIT2, PROF1, SPRC and NMP22 in a 4-­‐marker classifier resulted in comparable-­‐to-­‐superior clinical performance (~70% sensitivity with ~100% specificity ~80% sensitivity with ~57% specificity) over conventional immuno-­‐based assays. However, interference-­‐free measurements still could not be assured due to urinary matrix effects. A cost-­‐efficient and reproducible method for the removal of unidentified urinary contaminating substances without compromising the signal for the sought biomarkers is required in order to counteract urinary matrix effects.
Description: Mestrado em Bioquímica
URI: http://hdl.handle.net/10773/22510
Appears in Collections:DQ - Dissertações de mestrado
UA - Dissertações de mestrado

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
Dissertação.pdf3.51 MBAdobe PDFView/Open


FacebookTwitterLinkedIn
Formato BibTex MendeleyEndnote Degois 

Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.