Please use this identifier to cite or link to this item: http://hdl.handle.net/10773/22041
Title: Metagenomic analysis of saliva microbiome in patients with chronic obstructive pulmonary disease
Other Titles: Análise metagenómica do microbioma da saliva de pacientes com doença pulmonar obstrutiva crónica
Author: Brito, Maria Luísa Saragoça Falcão de
Advisor: Moura, Gabriela Maria Ferreira Ribeiro de
Marques, Alda Sofia Pires de Dias
Keywords: Metagenómica
Bactérias patogénicas
Doenças pulmonares
Defense Date: 4-Jan-2018
Publisher: Universidade de Aveiro
Abstract: Microbiome is a community of microorganisms living in a particular environment that englobes all microorganisms with their genes and environmental interactions. The human microbiome plays a pivotal role in human physiology and metabolism being associated to development, nutrition, immunity, and resistance to pathogens and has recognized implications for health and disease. Chronic Obstructive Pulmonary Disease (COPD) is a pulmonary disease characterized by persistent and progressive and nonreversible airflow obstruction. The role of bacteria as a potential pathogenic and etiologic factor in COPD has been a topic of debate for many years. It is thought that lung colonization by particular bacterial strains, in patients with COPD, is responsible for the chronic bronchitis phenotype, increased risk of exacerbations, and loss of lung function. Even though saliva is one of the most easily collectable samples, few studies have been conducted to characterize the saliva microbiome in patients with COPD and even fewer to identify biomarkers that might be informative for disease onset and progression. The aim of this study was to implement the methodology to study the saliva microbiome in patients suffering with COPD, to understand the dynamics of saliva microbiome in the setting of an exacerbation and how the microbiome evolve after that. For that a metagenomic approach was carried out, using the sequencing of the 16S rRNA gene, to analyze 17 samples from 7 patients with COPD, collected at 3 different time points, i.e. at exacerbation, 2 weeks after exacerbation, and at clinical full recovery. In this study, we found microbial shifts in the samples collected at different time points. We also detected high sample variability, especially between samples collected from different individuals. These results suggest that saliva might me a good source of biomarkers for COPD management and may represent an improvement to the implementation of personalized medicine in this population. However, more and larger studies must be conducted.
Microbioma é definido como sendo uma comunidade de microrganismos presente num dado ambiente, que engloba todos os microorganismos com seus genes e interações ambientais. O microbioma humano desempenha um papel importante na fisiologia humana e no seu metabolismo, estando associado ao desenvolvimento, nutrição, imunidade e resistência a agentes patogénicos com implicações na saúde e doença. A doença pulmonar obstrutiva crónica (DPOC) é uma doença pulmonar caracterizada por uma obstrução das vias aéreas persistente progressiva e não reversível. O papel das bactérias como potencial fator patogénico e etiológico na DPOC tem sido tema de debate nos últimos anos. Pensa-se que a colonização dos pulmões por determinadas bactérias, em pacientes com DPOC, é responsável pelo aumento do risco de exacerbações e perda de função pulmonar. Embora a saliva seja uma das amostras mais facilmente recolhida, são ainda poucos os estudos para caracterizar o microbioma da saliva em pacientes com DPOC, e ainda menos para identificar nele biomarcadores informativos sobre o diagnóstico e progressão desta doença. O objetivo deste estudo foi implementar a metodologia que permita estudar o microbioma da saliva em pacientes com DPOC, compreender a dinâmica do microbioma da saliva no contexto de uma exacerbação e como o microbioma evolui depois disso. Para isso, utilizou-se uma abordagem metagenómica utilizando a sequenciação do gene 16S rRNA, para analisar 17 amostras de 7 pacientes com DPOC, recolhidas em 3 momentos diferentes, i.e. em exacerbação, 2 semanas após a exacerbação e após recuperação clínica. Neste estudo foram encontradas e serão descritas diferenças na composição microbiana das amostras colhidas em tempos diferentes. Verificou-se também uma grande variabilidade nos resultados, com grandes diferenças entre as amostras colhidas de diferentes pacientes. Estes resultados sugerem que a saliva pode ser uma boa fonte de biomarcadores para a DPOC e poderá representar um avanço para a implementação da medicina personalizada nesta população. No entanto mais estudos com amostras alargadas são ainda necessários. Contudo, mais estudos deverão ser realizados.
Description: Mestrado em Biologia Molecular e Celular
URI: http://hdl.handle.net/10773/22041
Appears in Collections:DBio - Dissertações de mestrado
UA - Dissertações de mestrado

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