Implicações da edição de ARN do tipo A para I em ARN circular

Abstract

Circular RNAs (circRNAs) have been stated as new splicing patterns which have emerged recently as a naturally abundant configuration, conserved in Eukarya, Bacteria and Archaea. CircRNAs were shown to be enriched in Alu elements in their flanking regions, which may form pairs with other repeats in inverted orientation in the opposite flank. Therefore, it has been postulated that pairing between inverted Alu elements may promote RNA circularisation by bringing closer both splice sites. Alu elements are repetitive, primate-specific retrotransposons from the SINE family, which comprise about 10% of the human genome. Abundance of inverted Alu pairs creates stable substrates for A to I RNA editing. A to I RNA editing is a posttranscriptional modification, where adenosines (A) are converted into inosines (I), which are interpreted as guanosines by the cellular machinery, with implications on alternative splicing. In this thesis, we aimed to understand the influence of A to I RNA editing in inverted Alu elements flanking circRNAs through computational analysis of publicly available circRNA datasets. We hypothesised and confirmed that A to I RNA editing is reduced in these Alu elements, confirming their importance in circRNA biogenesis.

Os ARN circulares (circRNAs) foram identificados como novos padrões de splicing alternativo que emergiram recentemente como uma configuração naturalmente abundante, conservada em Eukarya, Bacteria and Archaea. Foi demonstrado que os circRNAs são enriquecidos em elementos Alu nas suas regiões flanqueadoras, que podem formar pares com outros elementos em orientação inversa nos flancos opostos. Assim, postulou-se que esse emparelhamento poderia promover a circularização do ARN ao aproximar ambos os splice sites. Elementos Alu são retrotransposões específicos nos genomas dos primatas e de natureza repetitiva, que pertencem à família dos SINEs e constituem cerca de 10% do genoma humano. A abundância de possíveis emparelhamentos entre elementos Alu origina substratos estáveis que podem ser alvo de edição de ARN do tipo A para I. Este fenómeno consiste numa modificação póstranscricional, em que os nucleótidos adenosina (A) são convertidos em inosina (I), que são interpretados como guanosinas pela maquinaria celular, com implicações no splicing alternativo. O objetivo desta tese consiste em entender a influência da edição do ARN do tipo A para I nos elementos Alu invertidos que flanqueiam os circRNAs, através de análise computacional de dados relativos a circRNAs publicamente disponibilizados. Confirmámos a nossa hipótese de que a edição do ARN é reduzida nestes elementos Alu, confirmando a sua importância na biogénese dos circRNAs.