Distâncias inter-simbólicas no ADN

Abstract

O presente trabalho visou estudar o contributo das distâncias-inter simbólicas na segmentação do ADN. Para esse efeito, foi estudada a segmentação das sequências genómicas em código e não código e em ilhas e não ilhas CpG. Desenvolveu-se um estudo das distâncias inter-trinucleótidas no contexto da identificação de regiões codificantes e das distâncias inter-dinucleótidas para a identificação de ilhas CpG. Com base nestas distâncias foi analisado o desempenho de um algoritmo para discriminação de regiões de código e não código, tendo os resultados evidenciado haver ainda margem para aperfeiçoamento e foi desenvolvido um algoritmo para identificação de ilhas CpG tendo as taxas de boa classificação atingido valores elevados.

The present work aimed to study the contribution of the inter-symbolic distances in DNA segmentation. To this end, the segmentation of genomic sequences into coding and non coding regions and CpG islands and non CpG islands was studied. A study of the inter-trinculeotide distances in the context of identifying coding regions and of the inter-dinucleotide distances for identifying CpG islands was developed. Based on these distances the performance of an algorithm to discriminate coding and non coding regions was analyzed, with the results showing there is still room for improvement and an algorithm for identification of CpG islands was designed, resulting in high values of good classification rates.