Caracterização molecular da comunidade bacteriana da pele de bacalhau

Abstract

Bacalhau salgado seco é um produto alimentar comercialmente importante e com uma vida de prateleira relativamente longa. Embora a análise microbiológica destes produtos seja crucial para a segurança alimentar, a maioria das abordagens empregadas envolvem apenas métodos moleculares clássicos e de cultivo. No presente trabalho, uma ampla gama de análises moleculares, como técnicas de PCR, electroforese em gel de gradiente desnaturante (DGGE) e pirosequenciação foram realizados a fim de caracterizar a composição da comunidade bacteriana da pele de três espécies estreitamente relacionadas da família Gadidae: O bacalhau do Pacífico Gadus macrocephalus, o bacalhau do Atlântico G. morhua e o Allaska pollock Theragra chalcogramma. Embora o processamento destes produtos tenha sido efetuado, na mesma fábrica, foram observadas diferenças significativas na composição bacteriana entre as espécies. Em geral, a diversidade bacteriana observada foi dominada por espécies Gram-negativas pertencentes à classe Gammaproteobacteria. Treze géneros diferentes representados por 19 OTU, incluindo OTU atribuído a espécies desconhecidas, foram detectados neste estudo. Os géneros mais frequentemente detectados foram Pseudomonas, Salinisphaera, Chryseobacterium, Psychrobacter, e Serratia. A ocorrência de novos grupos de bactérias associadas com o bacalhau salgado seco é relatada pela primeira vez (por exemplo, Arthrobacter sp., Salinisphaera sp., Serratia marcescens, Rothia mucilaginosa). A relevância destas descobertas é discutida a partir da perspectiva da segurança alimentar.

Dry salted codfish are commercially important food products with a relatively long shelf-life. Although the microbiological analysis of these products is of paramount importance for food safety, most approaches have only employed classical molecular and cultivation methods. In the present work a broad-range molecular analysis using PCR - denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) and pyrosequencing was performed in order to characterize the composition of bacterial assemblages in the skin of three closely related species (family Gadidae): the Pacific codfish Gadus macrocephalus, the Atlantic codfish G. morhua and the Allaska pollock Theragra chalcogramma. Despite the fact that all, previously salted, specimens were processed in the same factory, we observed significant differences in the bacterial composition among species. In general, the bacterial diversity observed was dominated by Gram-negative species belonging to the Gammaproteobacteria class. Thirteen different genera represented by 19 OTU's, including unknown OTU's assigned to unknown species, were detected in this study. The most frequently detected genera were Pseudomonas, Salinisphaera, Chryseobacterium, Psychrobacter, and Serratia. The occurrence of new bacterial groups associated with drysalted codfish is reported for the first time (e.g., Arthrobacter sp., Salinisphaera sp., Serratia marcescens, Rothia mucilaginosa). The relevance of these findings is discussed from a food safety perspective.