DSpace
 
  Repositório Institucional da Universidade de Aveiro > Departamento de Biologia > BIO - Dissertações de mestrado >
 Mangrove rhizosphere effect on sediment Archael communities
Please use this identifier to cite or link to this item http://hdl.handle.net/10773/3491

title: Mangrove rhizosphere effect on sediment Archael communities
other titles: Estudo do efeito "rizosfera" nas comunidades de Archaea em plantas de mangal
authors: Pires, Ana Cecília da Cruz
advisors: Gomes, Newton Carlos Marcial
Cleary, Daniel
keywords: Microbiologia
Ecossistemas aquáticos
Mangue - Biodiversidade
Rizosfera
Microorganismos
Archaea
issue date: 2010
publisher: Universidade de Aveiro
abstract: Os mangais são económica e biologicamente importantes. Sendo, contudo, cada vez mais ameaçados. Com o intuito de recuperar estes ecossistemas, têm sido desenvolvidos programas de reabilitação. Todavia, geralmente, estes programas não consideram a importância e os possíveis efeitos das interacções entre microrganismos e plantas no ecossistema dos mangais, devido ao número limitado de estudos em ecologia microbiana neste ecossistema. Sabe-se que as raízes de espécies de plantas terrestres influenciam a composição das comunidades bacterianas do solo. Por sua vez, os microrganismos podem contribuir no crescimento e saúde das plantas. Este estudo teve como objectivos desenvolver um sistema primers para reacção em cadeia da polimerase -electroforese em gel com gradiente desnaturante (PCRDGGE) para o domínio Archaea e o género Nanoarchaeum e determinar se as raízes de plantas de mangal (Rhizophora mangle e Laguncularia racemosa) afectam a composição das comunidades de Archaea e Nanoarchaeum que habitam o solo que está sob a influência das raízes de mangal (efeito “rizosfera”). As comunidades de Archaea e Nanoarchaeum foram analisadas por métodos moleculares, como a PCR e o DGGE. Foi desenvolvido um sistema de primers para PCR-DGGE adequado para o domínio Archaea e para o género Nanoarchaeum com base em novas sequências do gene 16S rRNA recentemente publicadas. Os perfis de DGGE foram analisados com a análise de similaridades (ANOSIM), o método de escalonamento multidimensional não paramétrico (MDS) e o índice de Shannon-Wiener. Os resultados de MDS e ANOSIM sugerem que existem diferenças significativas entre as amostras de sedimento e as amostras de rizosfera de R. mangle e L. racemosa. Por sua vez, a análise de MDS sugere que as raízes de L. racemosa afectam mais a composição da comunidade de Archaea do sedimento do que as raízes de R. mangle. Pelo contrário, os resultados de MDS e ANOSIM sugerem que as plantas de L. racemosa e R. mangle não exercem qualquer efeito na composição de Nanoarchaeum e que não existem diferenças entre as amostras de sedimento e as de rizosfera. A diversidade das populações de Archaea e Nanoarchaeum foi estimada pelo índice de Shannon-Wiener; e mostrou que a diversidade de Archaea era mais elevada do que anteriormente descrito em sedimentos marinhos. Com o propósito de completar este estudo algumas bandas dominantes das amostras de rizosfera vão ser clonados e sequenciados, vão ser criadas bibliotecas de clones para Nanoarchaeum e serão efectuadas análises de pirosequenciação às comunidades de Archaea.

Mangrove forests are economically and biologically important; however, they are also increasingly threatened. In order to recuperate these ecosystems, rehabilitation programs have been developed. However, in general these programs have no knowledge about the importance of plant-microbe interactions in mangrove ecosystem. This happens also because the limited numbers of studies on microbial ecology in this ecosystem. Therefore, they do not consider the possible effects of plant-microbe interactions in mangrove reforestation approaches. It is known that roots of terrestrial plant species influence the composition of soil bacterial communities. In turn, microorganisms can contribute to plant growth and health. In this study we aimed to develop a polymerase chain reaction -denaturing gradient gel electrophoresis (PCRDGGE) primer system suitable for Archaea domain and Nanoarchaeum genus and to determine if roots of mangrove plants (Rhizophora mangle and Laguncularia racemosa) affect the composition of Archaea and Nanoarchaeum communities inhabiting the sediment under influence of mangrove roots (rhizosphere effect). Archaea and Nanoarchaeum communities were analyzed using molecular methods, such as PCR and DGGE. A PCR-DGGE primer system suitable for Archaea domain and Nanoarchaeum genus was developed based on new 16S rRNA gene sequences recently published. DGGE profiles were analyzed with analysis of similarities (ANOSIM), non-metric multidimensional scaling (MDS) and Shannon-Wiener index. Both MDS and ANOSIM results suggest that there are significant differences between bulk and rhizosphere samples of R. mangle and L. racemosa. In turn, MDS analyses suggest that roots of L. racemosa affect more the composition of Archaea community from bulk sediment than roots of R. mangle. On the opposite, ANOSIM statistics and MDS analyses suggest that L. racemosa or R. mangle plants do not influence the nanoarchaeal composition and that there are no differences between bulk and rhizosphere samples. Diversity of Archaea and Nanoarchaeum populations was estimated by using the Shannon-Wiener index; and showed that diversity of Archaea was higher than previously reported in marine sediments. With the purpose to complete this study some dominant bands of rhizosphere samples will be cloned and sequenced, clone libraries for Nanoarchaeum will be generated and pyrosequencing analysis of archaeal communities will be performed.
description: Mestrado em Microbiologia
URI: http://hdl.handle.net/10773/3491
appears in collectionsBIO - Dissertações de mestrado
UA - Dissertações de mestrado

files in this item

file description sizeformat
4209.pdf1.36 MBAdobe PDFview/open
statistics

Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.

 

Valid XHTML 1.0! RCAAP OpenAIRE DeGóis
ria-repositorio@ua.pt - Copyright ©   Universidade de Aveiro - RIA Statistics - Powered by MIT's DSpace software, Version 1.6.2