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http://hdl.handle.net/10773/14829
Title: | Resistance to last-resort antibiotics in natural environments |
Other Titles: | Resistência a antibióticos de último recurso em ambientes naturais |
Author: | Tacão, Marta Cristina Oliveira Martins |
Advisor: | Correia, António Carlos Matias Henriques, Isabel |
Keywords: | Biologia Ecossistemas aquáticos Resistência a antibióticos Beta lactamases |
Defense Date: | 2014 |
Publisher: | Universidade de Aveiro |
Abstract: | Last-resort antibiotics are the final line of action for treating serious infections
caused by multiresistant strains. Over the years the prevalence of resistant
bacteria has been increasing. Natural environments are reservoirs of antibiotic
resistance, highly influenced by human-driven activities. The importance of
aquatic systems on the evolution of antibiotic resistance is highlighted from the
assumption that clinically-relevant resistance genes have originated in strains
ubiquitous in these environments. We hypothesize that: a) rivers are reservoirs
and disseminators of antibiotic resistance; b) anthropogenic activities potentiate
dissemination of resistance to last-resort antibiotics. Hence, the main goal of
the work is to compare the last-resort antibiotics resistome, in polluted and
unpolluted water. Rivers from the Vouga basin, exposed to different
anthropogenic impacts, were sampled. Water quality parameters were
determined to classify rivers as unpolluted or polluted. Two bacterial collections
were established enclosing bacteria resistant to cefotaxime (3rd generation
cephalosporin) and to imipenem (carbapenem). Each collection was
characterized regarding: phylogenetic diversity, antibiotic susceptibility,
resistance mechanisms and mobile genetic elements. The prevalence of
cefotaxime- and imipenem-resistant bacteria was higher in polluted water.
Results suggested an important role in the dissemination of antibiotic
resistance for Enterobacteriaceae, Pseudomonas and Aeromonas. The
occurrence of bacteria resistant to non-beta-lactams was higher among isolates
from polluted water as also the number of multiresistant strains. Among strains
resistant to cefotaxime, extended-spectrum beta-lactamase (ESBL) genes were
detected (predominantly blaCTX-M-like) associated to mobile genetic elements
previously described in clinical strains. ESBL-producers were often
multiresistant as a result of co-selection mechanisms. Culture-independent
methods showed clear differences between blaCTX-M-like sequences found in
unpolluted water (similar to ancestral genes) and polluted water (sequences
identical to those reported in clinical settings). Carbapenem resistance was
mostly related to the presence of intrinsically resistant bacteria. Yet, relevant
carbapenemase genes were detected as blaOXA-48-like in Shewanella spp. (the
putative origin of these genes), and blaVIM-2 in Pseudomonas spp. isolated from
polluted rivers. Culture-independent methods showed an higher than the
previously reported diversity of blaOXA-48-like genes in rivers. Overall, clear
differences between polluted and unpolluted systems were observed, regarding
prevalence, phylogenetic diversity and susceptibility profiles of resistant
bacteria and occurrence of clinically relevant antibiotic resistance genes, thus
validating our hypotheses. In this way, rivers act as disseminators of resistance
genes, and anthropogenic activities potentiate horizontal gene transfer and
promote the constitution of genetic platforms that combine several resistance
determinants, leading to multiresistance phenotypes that may persist even in
the absence of antibiotics. Antibióticos de último recurso são usados no tratamento de infecções graves causadas por estirpes multiresistentes. A prevalência de bactérias resistentes a estes antibióticos tem aumentado. Os ambientes naturais, influenciados pela actividade humana, são reservatórios de bactérias resistentes e de genes de resistência. Vários genes de resistência com grande impacto na clínica têm presumivelmente origem em estirpes ubíquas em sistemas aquáticos, o que realça a importância destes ambientes na evolução de resistência. Este estudo assenta nas seguintes hipóteses: a) os rios são reservatórios e disseminadores de resistência a antibióticos; b) as atividades antropogénicas potenciam a disseminação de resistência a antibióticos de último recurso nestes ambientes. Assim, foi estabelecido como objectivo comparar o resistoma ambiental referente a antibióticos de último recurso, em rios poluídos e não poluídos. Foram amostrados rios na Bacia Hidrográfica do Vouga, expostos a diferentes impactos antropogénicos. Os rios foram classificados como poluídos e não poluídos de acordo com parâmetros de qualidade da água. Duas colecções foram estabelecidas: bactérias resistentes a cefotaxima (cefalosporina de 3ª geração) e a imipenemo (carbapenemo). Cada colecção foi caracterizada em termos de diversidade filogenética, susceptibilidade a antibióticos, mecanismos de resistência e elementos genéticos móveis. A prevalência de bactérias resistentes foi superior em águas poluídas. Os resultados sugerem que nestes ambientes Enterobacteriaceae, Pseudomonas e Aeromonas têm um papel importante na disseminação de resistência. Os níveis de resistência a não beta-lactâmicos foram superiores em águas poluídas, assim como o número de estirpes multiresistentes. Detectaram-se genes de beta-lactamases de espectro alargado, associados a elementos genéticos móveis previamente descritos em isolados clínicos. Métodos independentes do cultivo revelaram diferenças claras entre a diversidade de sequências do tipo blaCTX-M em rios poluídos (idênticas às encontradas em isolados clínicos) e não poluídos (similares a genes ancestrais). A resistência a carbapenemos foi maioritariamente relacionada com a presença de bactérias intrinsecamente resistentes. No entanto, foram identificados genes de carbapenemases relevantes tais como blaOXA-48 em Shewanella spp. (origem putativa destes genes) e blaVIM-2 em Pseudomonas spp. de rios poluídos. Métodos independentes do cultivo mostraram que, nestes rios, a diversidade de genes similares a blaOXA-48 é superior ao que tem sido relatado. Detectaramse diferenças evidentes entre rios poluídos e não poluídos, em termos de prevalência, diversidade filogenética e susceptibilidade a antibióticos em bactérias resistentes e ocorrência de genes de resistência clinicamente relevantes. Estes dados validam as hipóteses colocadas. Assim, estes sistemas aquáticos actuam como reservatórios de genes de resistência. As actividades antropogénicas potenciam a disseminação destes genes e a constituição de plataformas genéticas complexas, originando fenótipos de multiresistência que poderão persistir mesmo na ausência de antibióticos. |
Description: | Doutoramento em Biologia |
URI: | http://hdl.handle.net/10773/14829 |
Appears in Collections: | DBio - Teses de doutoramento UA - Teses de doutoramento |
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